Im Laufe der Geschichte gab es immer wieder Bewegungen, die die ursprüngliche Lehre des Nazareners wieder beleben wollten: Paulikianer, Markioniten, Bogumilen, Katharer, Waldenser, Täufer. Sie wurden samt und sonders verfolgt und ausgerottet. Mit ihnen starben Millionen von Menschen als Opfer der heidnischen Kult-Staatskirche: In den Kreuzzügen, bei der grausamen Eroberung Amerikas, in Inquisitions- und Hexenprozessen. Auch die Judenverfolgung wurde durch die Kirche angeheizt - Hitlers Schergen beriefen sich auf die katholische Kirche und auf den Antisemiten Luther. Und noch im 20. Jahrhundert wurden ca. 750.000 orthodoxe Serben im katholischen Kroatien wegen ihres Glaubens ermordet.

Inquisition: 13.-18. Jahrhundert, ca. eine Million Tote, nach anderen Schätzungen sogar bis zu 10 Millionen, sowie unzählige Gefolterte, Misshandelte und Terrorisierte (Der Spiegel, 1.6.1998).
Zur modernen Inquisition im 21. Jahrhundert: Siehe z. B. www.michelrieth.com

Kreuzzüge: 11.-13. Jahrhundert, viele  Millionen Tote, darunter Tausende von deutschen Juden (Hans Wollschläger, Die bewaffneten Wallfahrten nach Jerusalem, Zürich 1973).

“Heiden”: 9.-12. Jahrhundert - während des Mittelalters werden Zehntausende germanische und slawische "Heiden" von deutschen Königen und Fürsten mit Gewalt zum "Christentum" bekehrt oder grausam abgeschlachtet. Die Kirche gibt ihren Segen dazu oder ruft zu "Kreuzzügen" gegen die Slawen auf (Karlheinz Deschner, Kriminalgeschichte des Christentums, Band 4, 5 und 6, Reinbek 1994, 1997, 1999).

Juden: Während des Mittelalters vom 11.-14. Jahrhundert immer wieder blutige Pogrome mit Tausenden von Toten, vorbereitet durch kirchliche Hetze über Jahrhunderte hinweg. Julius Streicher beruft sich bei den Nürnberger Prozessen zur Rechtfertigung des Holocaust ausdrücklich auf Martin Luthers Hetzreden gegen die Juden. (Friedrich Heer, Gottes erste Liebe, Esslingen 1967; vgl. "Der Theologe Nr. 28", Martin Luther und die Juden).

Eroberung Amerikas: In den ersten 150 Jahren nach der Eroberung durch die Spanier "im Namen Gottes" sterben 100 Millionen Menschen - der "größte Völkermord aller Zeiten" (Der Theologe Leonardo Boff, Publik-Forum, 31.5.1991), nach Papst Johannes Paul II. eine "glückliche Schuld" (Spiegel special Nr. 3/2005, S. 91), da auf diese Weise auch der katholische Glaube dort Fuß fasste.

Katharer, Waldenser, Hussiten usw.:
Tausende von Andersgläubigen sterben auf Geheiß der Kirchen (auch der lutherischen).

“Hexen”: 16.-18. Jahrhundert - mindestens 40.000, nach manchen Schätzungen sogar eine Million Menschen, zumeist Frauen, sterben einen grausamen Tod, etwa die Hälfte davon in Deutschland. Auch Luther lässt Hexen verbrennen. Die Anleitung dazu, der "Hexenhammer", stammt von zwei deutschen Dominikanermönchen (siehe auch Hubertus Mynarek, “Die neue Inquisition” ).

Kindsmissbrauch: Die Opfer von Kindsmissbrauch leiden meist über Jahre und Jahrzehnte seelisch unter diesen Demütigungen. Experten schätzen, dass in den USA 2.000 der 51.000 katholischen Priester in den letzten 20 Jahren des sexuellen Missbrauchs beschuldigt wurden (Hanauer Anzeiger, 13.7.1998). Das sind etwa 4 Prozent - die Dunkelziffer noch nicht eingerechnet. Für Deutschland schätzte Prof. Hubertus Mynarek den Anteil pädophiler Priester ebenfalls auf 3-5 Prozent (Akte 97, 14.9.1999). 
Siehe dazu auch:
Der Theologe Nr. 24a - Sex-Verbrechen und -Vergehen in der Kirche

Wehret den Anfängen:
Bei vielen kirchlichen Diskriminierungen ist man heute aufgrund der Erfahrungen der Vergangenheit wachsam und sensibel. Bei der Behandlung von religiösen Minderheiten jedoch nicht. Hier hat die Kirche mit dem Feindbild "Sekte" die Saat für neue Unterdrückung und Gewalt gelegt. Gemäß der Evangelischen Landeskirche in Baden werden Freikirchen und "Sekten" unterschieden. "Entscheidend ist die Zusammenarbeit mit der katholischen Kirche in der ACK [Arbeitsgemeinschaft Christlicher Kirchen] auf verschiedenen Ebenen"
(http://www.ekiba.de/8422_8555.php). Das
heißt: Wer nicht mit der römisch-katholischen Kirche zusammen arbeitet, ist eine "Sekte". Diese Verurteilung wird meist von anderen gesellschaftlichen Gruppen oder den Medien übernommen.
Was das für die betroffenen Menschen bedeuten kann, dazu lesen Sie hier ein Beispiel.
(vgl. dazu auch einen Offenen Brief an den evangelischen Bischof Huber vom Juli 2009)